Когда началась Русско-японская война, Елизавета Федоровна сразу же занялась организацией помощи фронту, во всех залах Кремлевского дворца были устроены мастерские для помощи солдатам. Медикаменты, продовольствие, обмундирование, теплые вещи для солдат, пожертвования и средства, — все это было собрано и отправлено великой княгиней на фронт. Она сформировала несколько санитарных поездов, устроила в Москве госпиталь для раненых, в котором часто бывала, организовала специальные комитеты по обеспечению вдов и сирот погибших на фронте. Но особенно трогательно солдату было получить от великой княгини иконки и образа, молитвенники и Евангелия. Она особенно заботилась об отправке походных православных храмов со всем необходимым для совершения богослужения.
В стране в это время бесчинствовали революционные группы, и Сергей Александрович, считавший необходимым принять более жесткие меры по отношению к ним и не нашедший поддержки, подал в отставку. Государь отставку принял. Но все было напрасно. Тем временем боевая организация эсеров уже приговорила великого князя Сергея Александровича к смерти. Власти знали о готовившемся покушении и пытались его предотвратить. Елизавета Федоровна получала анонимные письма, в которых ее предупреждали, что если она не хочет разделить участь мужа, пусть не сопровождает его нигде. Княгиня же, наоборот, старалась всюду бывать вместе с ним, не оставлять его ни на минуту. Но 4 февраля 1905 года это все-таки произошло. Сергей Александрович был убит бомбой, брошенной террористом Иваном Каляевым у Никольских ворот Кремля. Когда туда прибыла Елизавета Федоровна, там уже собралась толпа народа. Кто-то попытался помешать ей подойти к месту взрыва, но когда принесли носилки, она сама сложила на них останки своего мужа. Целыми были только голова и лицо. Да еще подобрала она на снегу иконки, которые носил на шее муж.
Процессия с останками двинулась к Чудову монастырю в Кремле, Елизавета Федоровна шла за носилками пешком. В церкви она опустилась на колени рядом с носилками у амвона и склонила голову. Всю панихиду простояла она на коленях, только иногда бросала взгляд на сочившуюся сквозь брезент кровь.
Потом она встала и прошла сквозь замеревшую толпу к выходу. Во дворце она велела принести ей траурное платье, переоделась и стала составлять телеграммы родственникам, писала абсолютно четким, ясным почерком. Только казалось ей, что это делает за нее кто-то другой. Совсем другой. Несколько раз она справлялась о самочувствии кучера Ефима, который прослужил у великого князя двадцать пять лет и сильно пострадал во время взрыва. Вечером ей сказали, что кучер пришел в сознание, но никто не решается сказать ему о гибели Сергея Александровича. И тогда Елизавета Федоровна пошла к нему в госпиталь. Увидев, что кучер очень плох, она склонилась над ним и ласково сказала, что все обошлось благополучно и Сергей Александрович просил ее навестить старого слугу. Кучер будто просветлел лицом, успокоился и через некоторое время спокойно скончался.
На следующее утро хоронили великого князя. В последний момент на одной из крыш у места убийства нашли его сердце. Успели положить в гроб.
Вечером она поехала в Бутырскую тюрьму. Начальник тюрьмы пошел в камеру преступника вместе с ней. На пороге камеры она на секунду задержалась: правильно ли я делаю? И будто голос был ей, голос мужа, желавший прощения убийце.
Каляев с горячечным блеском в глазах поднялся к ней навстречу и с вызовом крикнул:
— Вы кто?
— Я его вдова. Почему вы его убили?
— Я не хотел убивать вас, я видел его несколько раз в то время, когда имел бомбу наготове, но вы были с ним и я не решился его тронуть.
— И вы не поняли того, что убили меня вместе с ним?
Убийца не ответил…
Она пыталась объяснить ему, что принесла прощение от Сергея Александровича. Но он не слышал, они говорили на разных языках. Елизавета Федоровна просила его покаяться, но ему были незнакомы эти слова. Более двух часов говорила с Каляевым великая княгиня, она принесла ему Евангелие и просила почитать его. Но все было напрасно. Оставив Евангелие и маленькую иконку, она ушла.
Великая княгиня просила императора Николая II о помиловании Каляева, но оно было отклонено, потому что преступник не раскаялся. На суде он требовал себе смертного приговора, с горящими глазами безумно повторял, что будет всегда уничтожать политических противников. Ей передали, правда, что в последнюю минуту он взял в руки икону и положил ее на подушку.
Сергея Александровича похоронили в маленькой церкви Чудова монастыря, здесь был сделан склеп-усыпальница. Именно сюда каждый день и по ночам приходила Елизавета Федоровна, молилась, думала, как жить дальше. Здесь, в Чудовом монастыре, она получила благодатную помощь от мощей великого молитвенника святителя Алексия и потом всю жизнь носила в наперсном кресте частичку его мощей. На месте убийства мужа Елизавета Федоровна воздвигла памятник-крест, сделанный по проекту Васнецова. На нем слова Спасителя, сказанные Им на кресте: «Отче, отпусти им, не ведают ибо, что творят». В 1918 году крест снесли, в 1985 году обнаружили склеп с останками великого князя. А в 1995 году крест был восстановлен на старом месте.
После кончины мужа Елизавета Федоровна не снимала траур, много молилась, постилась. Решение пришло в долгой молитве. Она распустила двор, разделила свое состояние на три части: в казну, наследникам мужа и самую большую часть на благотворительные нужды.
В 1909 году великая княгиня приезжала в Полоцк на перенесения мощей преподобной Евфросинии Полоцкой из Киева. Судьба Евфросинии о многом говорила Елизавете Федоровне: она умерла в Иерусалиме, будучи первой, по-видимому, русской паломницей. Как вспоминала она их поездку с Сергеем на Святую землю, сколь безмятежно было их счастье, как ей было хорошо и покойно там!
Она решила посвятить себя строительству и созданию милосердной обители. Елизавета Федоровна продолжала заниматься благотворительностью, помогала воинам, бедным, сиротам и все время думала об обители. Были составлены различные проекты устава монастыря, один из них подал и орловский священник Митрофан Сребрянский, автор книги, прочитанной ею с глубоким интересом — «Дневник полкового священника, служившего на Дальнем Востоке во весь период минувшей Русско-японской войны», которому княгиня и предложила быть духовником монастыря. Синод не сразу принял и понял ее замысел, поэтому устав переделывался много раз.
После смерти мужа из доли состояния, предназначенного на благотворительные цели, великая княгиня выделила часть денег на приобретение усадьбы на Большой Ордынке и начала здесь строительство церкви и помещений обители, амбулатории, приюта. В феврале 1909 года была открыта Марфо-Мариинская обитель Милосердия, в ней было всего шесть сестер. На территории обители построили два храма: первый — в честь святых жен-мироносиц Марфы и Марии, второй — Покрова Пресвятой Богородицы. Под последним соорудили небольшую церковь-усыпальницу. Великая княгиня думала, что здесь будет покоиться после смерти ее тело, но Бог судил иначе.
22 апреля 1910 года в храме Марфы и Марии епископ Трифон посвятил в крестовые сестры любви и милосердия 17 подвижниц во главе с настоятельницей. Великая княгиня впервые сняла траур и облачилась в одеяние крестовой сестры любви и милосердия. Она собрала семнадцать сестер и сказала: «Я оставляю блестящий мир, где я занимала блестящее положение, но вместе со всеми вами я восхожу в более великий мир — в мир бедных и страдающих».
Были построены богадельня, больница и детский приют. Обитель была необычайно красива, здесь совершались запомнившиеся многим современникам проникновенные богослужения. Храмы, один из которых был построен знаменитым архитектором Щусевым и расписан художником Михаилом Нестеровым, благоухание цветов, оранжереи, парк — все являло собой духовную гармонию.
Сестры учились основам медицины, посещали больницы и богадельни, именно сюда привозили самых тяжелых больных, от которых все отказывались, к ним приглашали лучших специалистов, врачебные кабинеты и хирургическая клиника были лучшими в Москве, все операции проводили бесплатно. Здесь же была построена аптека, где бедным лекарства тоже отпускались бесплатно. Днем и ночью сестры неусыпно следили за состоянием больных, терпеливо ухаживали за ними, а настоятельница, казалось им, всегда была с ними, ибо на сон она отводила себе 2-3 часа в день. Многие безнадежные вставали и, уходя из обители, плакали, называя Елизавету Федоровну «Великой матушкой». Она сама перевязывала раны, часто просиживала все ночи у постели больного. Если кто-то умирал, она всю ночь читала над покойником Псалтирь, а в 6 утра неизменно начинала свой рабочий день.
