В боях над Днепром и в Запорожье Скоморохов продолжил список сбитых им «Мессеров» и «Фоккеров», одержал свою 13-ю победу.
В начале 1944 года из лучших лётчиков 295-й ИАД была создана «эскадрилья охотников», заместителем её командира (Николая Краснова) был назначен Николай Скоморохов. В эскадрилью вошли такие асы, как В. Кирилюк, О. Смирнов, А. Володин. Эскадрилья базировалась на одном аэродроме с 31-м ИАП, тесно взаимодействуя в воздухе с его лётчиками. За 3 месяца своего существования эскадрилья уничтожила в воздушных боях несколько десятков самолётов противника, но была расформирована, поскольку полки, давшие туда лучших бойцов, понесли в боях тяжёлые потери, и командиры настояли на возвращении своих «орлов». Скоморохов был переведён на должность комэска первой эскадрильи в 31-й ИАП, которым командовал Онуфриенко.
В Ясско — Кишинёвской операции старший лейтенант Скоморохов сбил несколько Ме-109. В конце августа ему было поручено сопровождать Ли-2, где летел Маршал Жуков. У Скоморохова уже был опыт подобных полётов: ранее он сопровождал самолёт Василевского и даже решительно обстрелял «Як», сделавший попытку приблизиться к нему. Жуков высказал неудовольствие внешним видом пообносившихся асов, попенял на отсутствие плана прикрытия…
В боях за освобождение Украины и Донбаса, в небе Молдавии и на Балканах, он совершает сотни боевых вылетов, в десятках воздушных боев оттачивает свою боевую выучку. Ему доверяют лично и во главе группы вести воздушную разведку. Здесь в полной мере проявились его организаторский талант и тактическое мастерство.
В конце 1944 года Скоморохов участвует в освобождении Румынии и Болгарии. В ноябре в небе Югославии четвёрка Ла-5 под командованием Скоморохова получила задание прикрыть наступавшие наземные войска в районе Апатина. На виду тысяч бойцов сухопутных войск «Лавочкины» ринулись на армаду истребителей — бомбардировщиков FW-190. В течение 10 секунд Скоморохов сбил 2 из них, смешав строй и сорвав бомбометание. За этот бой он был награждён орденом Александра Невского.
Особенно успешными были его бои в Венгрии, где интенсивность воздушных схваток может быть сравнима с напряжённостью боев на Кубани, Курской дуге, над Днепром. В декабре 1944 года в бою над Секешфехерваром, в долгой изматывающей дуэли с Ме-109, пилотируемым немецким асом, на высоте более 9000 метров в 3-й лобовой атаке он сбил «Мессер», его лётчик спасся с парашютом и был пленён. Через несколько дней в первом же боевом вылете на первом в дивизии Ла-7 Н. Скоморохов и его ведомый И. Филиппов, последовательно атаковав 3 группы «Фокке — Вульфов», сбили 5 из них…
К концу декабря 1944 года на боевом счету командира эскадрильи 31-го истребительного авиаполка капитана Н. М. Скоморохова числилось уже 25 вражеских самолётов, сбитых им лично, и 8 — в составе группы. Бесстрашный ас к этому времени носил 3 ордена Красного Знамени, ордена Александра Невского и Отечественной войны 1-й степени…
Вскоре Николаю Скоморохову пришлось вести воздушный бой, каких не знает история Великой Отечественной. 16 января 1945 года капитан Скоморохов в паре вылетел на свободную охоту. В районе Таряй, северо — западнее Будапешта, лётчики встретили в воздухе 3 группы транспортных самолётов Ju-52 (16 машин) и 38 истребителей прикрытия Ме-109. Двое против 54 ! В результате смелых атак ведущий лично сбил 2 Ju-52 и один истребитель, а его ведомый уничтожил ещё 2 машины.
Позднее, в боях за Будапешт, Скоморохов сбил 16, а за Вену — ещё 9 вражеских самолётов.
При сопровождении штурмовиков для ударов по танкам и мотопехоте противника, Николай и его подчинённые провели немало блестящих боёв и без потерь возвращались на свой аэродром. Так сопровождая группу «Илов» в район севернее Будапешта, капитан Скоморохов во главе шестёрки «Лавочкиных» вступил в бой с группой истребителей противника. В непродолжительной, но упорной борьбе на вертикалях наши лётчики сбили 8 вражеских машин, не потеряв ни одной. При этом, 3 самолёта вогнал в землю лично Николай Скоморохов.
Характеризуя Скоморохова, командир 31-го истребительного авиационного полка подполковник Г. Д. Онуфриенко писал:
«В воздушных боях Николай Михайлович нетороплив, но решителен, расчётлив и хладнокровен. Требователен к себе и подчинённым. Пользуется исключительным авторитетом среди всего личного состава полка. В боевой работе не знает усталости…»
В боевых действиях Скоморохова было много нового, оригинального. Он был рьяным поборником новых боевых порядков истребителей основу которых составляло не звено из 3-х самолётов, а пара и звено из 4-х машин. Его эскадрилья первой в полку перешла к боевым порядкам, эшелонированным по высоте и рассредоточенным по фронту. Знаменитое правило: «истребитель обороняется только нападением» — было законом в боевой работе советского аса и его питомцев.
